Tο ΕΛ.ΙΝ.Υ.Α.Ε. εκπονεί επιστημονικές έρευνες και μελέτες για την υγεία και ασφάλεια της εργασίας και τη διασύνδεση εργασιακού και ευρύτερου περιβάλλοντος (συγχρονικές, μελέτες περίπτωσης κ.ά.).
Στην ετήσια έρευνα που πραγματοποιείται τα τελευταία χρόνια μέσω ερωτηματολογίου, διερευνώνται οι προτεραιότητες για την πρόληψη και την προστασία της υγείας και της ασφάλειας των εργαζομένων και ζητήματα διασύνδεσης εργασιακού και ευρύτερου περιβάλλοντος.
Πραγματοποιούνται, επίσης, κλαδικές ή θεματικές έρευνες και μελέτες και αναπτύσσονται μεθοδολογικά και ερευνητικά εργαλεία, όπως εργαλεία εκτίμησης επαγγελματικού κινδύνου, οδηγοί καλών πρακτικών, ερωτηματολόγια έρευνας κ.λπ.
Το ΕΛ.ΙΝ.Υ.Α.Ε. συμμετέχει σε εθνικά και ευρωπαϊκά προγράμματα.
Έχει αναπτύξει και συνεχώς διευρύνει τη συνεργασία του με φορείς στην Ελλάδα (Πανεπιστήμια, Ερευνητικά Κέντρα, Ινστιτούτα Κοινωνικών Εταίρων, οργανώσεις εργοδοτών και εργαζομένων κ.ά.) και το εξωτερικό (Ευρωπαϊκό Οργανισμό για την Ασφάλεια και την Υγεία στην Εργασία, Ευρωπαϊκή Επιτροπή, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας και Ασφάλειας των ευρωπαϊκών χωρών, ευρωπαϊκά πανεπιστήμια, οργανώσεις εργοδοτών και εργαζομένων κ.ά.).
