Στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων του, το ΕΛΙΝΥΑΕ εκπονεί επιστημονικές έρευνες και μελέτες για συγκεκριμένους κλάδους και θέματα (συγχρονικές, μελέτες περίπτωσης κ.ά.).
Μέσα από αυτές αναδεικνύονται οι προκλήσεις για την πρόληψη και την προστασία της υγείας και της ασφάλειας των εργαζομένων και της κοινωνίας, ζητήματα διασύνδεσης εργασιακού και ευρύτερου περιβάλλοντος ενώ εκπονούνται μεθοδολογικά και ερευνητικά εργαλεία, όπως εργαλεία εκτίμησης επαγγελματικού κινδύνου, οδηγοί καλών πρακτικών, ερωτηματολόγια έρευνας κ.λπ.

Επίσης, το ΕΛΙΝΥΑΕ συμμετέχει σε χρηματοδοτούμενα -εθνικά και ευρωπαϊκά- προγράμματα.
Έχει αναπτύξει και συνεχώς διευρύνει τη συνεργασία του με φορείς στην Ελλάδα (Πανεπιστήμια, Ερευνητικά Κέντρα, Ινστιτούτα Κοινωνικών Εταίρων, οργανώσεις εργοδοτών και εργαζομένων κ.ά.) και το εξωτερικό (Ευρωπαϊκό Οργανισμό για την Ασφάλεια και την Υγεία στην Εργασία, Ευρωπαϊκή Επιτροπή, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας και Ασφάλειας των ευρωπαϊκών χωρών, ευρωπαϊκά πανεπιστήμια, οργανώσεις εργοδοτών και εργαζομένων κ.ά.).